Pembangunan waduk Jatigede dan penggenangan wilayah bendungannya berdampak pada tergenanganya beberapa wilayah desa yang ada di area genangan. Ada 28 wilayah desa yang berlokasi di lima kecamatan yang ikut tergenang, baik tergenang keseluruhan wilayahnya atau tergenang sebagian. Hal ini berdasarkan pada data yang dicantumkan dalam Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2025.

Berdasarkan data yang dicantumkan dalam Perpres tersebut, wilayah Kecamatan Darmaraja menyumbang jumlah wilayah desa terbanyak dengan 13 wilayah yang yang ikut terendam, yaitu Desa Cipaku, Desa Pakualam, Desa Karangpakuan, Desa Jatibungur, Desa Sukamenak, Desa Leuwihideung, Desa Cibogo, Desa Sukaratu, Desa Tarunajaya, Desa Cikeusi, Desa Ranggon, Desa Neglasari, dan Desa Darmajaya. Di Kecamatan Jatigede ada lima wilayah desa yaitu Desa Jemah, Desa Ciranggem, Desa Mekarasih, Desa Sukakersa, dan Desa Cijeungjing. Dari Kecamatan Wado dan Cisitu masing-masing ada empat wilayah desa yaitu Desa Wado, Desa Padajaya, Desa Cisurat dan Desa Sukapura (Kecamatan Wado) serta Desa Pajagan, Desa Cigintung, Desa Cisitu dan Desa Situmekar (Kecamatan Cisitu). Ditambah dua wilayah desa yang ada di Kecamatan Jatinunggal yaitu Desa Sirnasari dan Desa Pawenang.

Berdasarkan data Hasil Kajian Teknis BPMPD (Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa) Kabupaten Sumedang tahun 2014, dari sejumlah desa yang terkena dampak pembangunan waduk Jatigede sebanyak enam desa yang direkomendasikan untuk dihapus. Hal ini karena wilayah desa tersebut mengalami penyusutan yang dramatis, tidak tersisa sama sekali atau tersisa sedikit karena dibebaskan untuk pembangunan waduk Jatigede. Keenam desa tersebut adalah Desa Leuwihideung dan Desa Cipaku yang keseluruhan wilayahnya dibebaskan untuk pembangunan waduk Jatigede. Desa Cibogo menyisakan wilayah seluas 7,2 Ha yang tidak dibebaskan dari 355 Ha, Desa Jatibungur (tersisa 2,5 Ha dari 118 Ha), Desa Padajaya (tersisa 60 Ha dari 309 Ha) dan Desa Sukakersa (tersisa 50 Ha dari 1.043 Ha).

Pemerintah Daerah Kabupaten Sumedang akhirnya memutuskan untuk menghapuskan enam desa tersebut. Penghapusan keenam desa tersebut tercantum dalam Peraturan Daerah Kabupaten Sumedang Nomor 11 Tahun 2015. Perda tersebut berisikan tentang Penghapusan dan Penggabungan Desa yang Terkena Dampak Pembangunan Waduk Jatigede yang ditetapkan pada tanggal 30 Desember 2015. Dalam Perda tersebut, di Pasal 2 disebutkan nama-nama desa yang dihapuskan yaitu:

1. Desa Leuwihideung, Kecamatan Darmaraja
2. Desa Cipaku, Kecamatan Darmaraja
3. Desa Cibogo, Kecamatan Darmaraja
4. Desa Jatibungur, Kecamatan Darmaraja
5. Desa Padajaya, Kecamatan Wado
6. Desa Sukakersa, Kecamatan Jatigede

Paska penghapusan enam desa tersebut, wilayah-wilayah desa yang dihapuskan kemudian digabungkan menjadi bagian dari wilayah desa yang ada, yaitu:

Wilayah Desa Leuwihideung:

• Bagian wilayah sebelah utara menjadi bagian dari wilayah Desa Sukaratu Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah timur menjadi bagian dari wilayah Desa Mekarasih Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah selatan menjadi bagian dari wilayah Desa Darmajaya Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah barat menjadi bagian dari wilayah Desa Sukaratu Kecamatan Darmaraja

Wilayah Desa Cipaku:

• Bagian wilayah sebelah utara menjadi bagian dari wilayah Desa Pakualam Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah timur menjadi bagian dari wilayah Desa Jemah Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah selatan menjadi bagian dari wilayah Desa Karangpakuan Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah barat menjadi bagian dari wilayah Desa Pakualam Kecamatan Darmaraja

Wilayah Desa Cibogo:

• Bagian wilayah sebelah utara menjadi bagian dari wilayah Desa Pakualam Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah timur menjadi bagian dari wilayah Desa Ciranggem Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah selatan menjadi bagian dari wilayah Desa Sukaratu Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah barat menjadi bagian dari wilayah Desa Tarunajaya Kecamatan Darmaraja

Wilayah Desa Jatibungur:

• Bagian wilayah sebelah utara menjadi bagian dari wilayah Desa Sukaratu Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah timur menjadi bagian dari wilayah Desa Darmajaya Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah selatan menjadi bagian dari wilayah Desa Sukamenak Kecamatan Darmaraja
• Bagian wilayah sebelah barat menjadi bagian dari wilayah Desa Darmajaya Kecamatan Darmaraja

Wilayah Desa Padajaya:

• Bagian wilayah sebelah utara menjadi bagian dari wilayah Desa Mekarasih Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah timur menjadi bagian dari wilayah Desa Mekarasih Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah selatan menjadi bagian dari wilayah Desa Pawenang Kecamatan Jatinunggal
• Bagian wilayah sebelah barat menjadi bagian dari wilayah Desa Pawenang Kecamatan Jatinunggal

Wilayah Desa Sukakersa:

• Bagian wilayah sebelah utara menjadi bagian dari wilayah Desa Ciranggem Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah timur menjadi bagian dari wilayah Desa Mekarasih dan Desa Ciranggem Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah selatan menjadi bagian dari wilayah Desa Mekarasih Kecamatan Jatigede
• Bagian wilayah sebelah barat menjadi bagian dari wilayah Desa Ciranggem dan Desa Mekarasih Kecamatan Jatigede