Setelah menyelesaikan kompetisi Liga 4 Seri 1 fase pertama, akhirnya muncul delapan tim yang lolos ke fase kedua. Delapan tim tersebut berasal empat grup di fase pertama, dengan masing-masing dua tim dari tiap grup. Hanya juara pertama dan juara kedua masing-masing grup yang lolos ke fase kedua.
Grup A meloloskan tim Cimahi United sebaai juara grup dan Cimahi Putra FC sebagai juara kedua. Grup B meloloskan Persikasi Kabupaten Bekasi sebagai juara grup dan Persitas Kabupaten Tasikmalaya sebagai juara kedua. Grup C meloloskan Pesik Kuningan dan Persima Majalengka masing-masing sebagai juara pertama dan juara kedua. Dan Grup D meloloskan Persipu FC sebagai juara pertama dan Persikabumi Kabupaten Sukabumi sebagai juara kedua.
Delapan tim yang lolos ke fase kedua ini akan dibagi ke dalam dua grup yang akan bertanding secara setengah kompetisi dan dipusatkan di dua lokasi (home tournament). Masing-masing grup akan berisikan empat tim. Hasil akhir dari fase kedua ini dari klasemen akhir masing-masing grup akan diambil dua tim teratas untuk lolos ke babak Semifinal.
